Parafię erygował kard. Aleksander Kakowski 26 listopada 1933 roku z części parafii Wniebowzięcia NMP w Chotomowie. Do 1980 roku stał tu kościół drewniany w stylu zakopiańskim, zbudowany przez mieszkańców w latach 1930-1931 – z inicjatywy ks. Jana Makowskiego, proboszcza parafii Chotomów. Plac pod kościół i budynki parafialne są darem hrabiego Maurycego Potockiego.
Budowę nowego kościoła według projektu arch. Krzysztofa Chwaliboga rozpoczęto 6 czerwca 1979 roku. Kamień węgielny poświęcił i wmurował błogosławiony kard. Stefan Wyszyński 8 października 1979 roku. Kościół poświęcił kard. Józef Glemp w uroczystość Zmartwychwstania Pańskiego, 22 kwietnia 1984 roku. Uroczystej konsekracji dokonał bp Kazimierz Romaniuk, pierwszy ordynariusz warszawsko-praski, 19 października 2003 roku.
„Dnia 8 grudnia Roku Pańskiego 1933 metropolita warszawski ks. kardynał Aleksander Kakowski erygował parafię pod wezwaniem św. Jana Kantego w Legionowie z kościołem parafialnym pod wezwaniem Świętego Ducha” – to fragment zaczerpnięty z kroniki parafialnej.
10 grudnia 2023 odbędą się uroczyste obchody 90. rocznicy powstania parafii. Mszy świętej o godz. 13:00 będzie przewodniczył bp Romuald Kamiński.