Parafię erygował Bp Zygmunt Choromański, wikariusz kapitulny Archidiecezji Warszawskiej, 12 grudnia 1948 roku z części parafii Chrystusa Króla w Warszawie-Targówku i Świętej Trójcy w Ząbkach. Wiosną 1948 roku z inicjatywy Ks. Stanisława Sobczaka, proboszcza z Ząbek, zawiązał się komitet budowy kościoła na Zaciszu. Pierwszym proboszczem był Ks. Stefan Sydry. W 1949 r. wybudowano tymczasową, drewnianą kaplicę z murowanym frontonem, a trzy lata później plebanię. Ze względu na trudności z uzyskaniem zezwolenia na budowę kościoła w centralnie położonym miejscu parafii rozbudowywano kaplicę: w 1956 r. obmurowano ją z zewnątrz; w 1963 r. podniesiono mury do wysokości blisko 5 m. W latach 1969-1972 przystąpiono do kapitalnego remontu kaplicy: pogłębiono fundamenty, podwyższono mury o dalsze 2 m, i przebudowano. W 1990 r. znaczna część parafii Świętej Rodziny (8.100 osób) została włączona do parafii Św. Marka na Targówku. W 1997 r. z części parafii po drugiej stronie ul. Radzymińskiej powstała parafia p.w. Św. Barnaby. Kaplica okazała się ciągle zbyt mała i tymczasowa, dlatego podjęto odważną decyzję o zbudowaniu na jej miejscu nowego kościoła parafialnego. Dawny służył do 26 lipca 2010 roku. 30 marca 2010 roku władze zatwierdził projekt nowego kościoła, który przygotowała arch. Teresa Kłębkowska – Reńska. Budowę rozpoczęto 4 sierpnia 2010 roku, głównym wykonawcą była firma Zbigniewa Dłużewskiego, parafianina. Prace posuwały się tak szybko, że już 12 grudnia 2012 roku Powiatowy Inspektorat Nadzoru Budowlanego wydał zgodę na użytkowanie świątyni. Kamień węgielny poświęcił i wmurował Abp Henryk Hoser SAC 13 maja 2012 roku. Obecnie trwają prace wykończeniowe.