Parafię cywilną erygował kard. Józef Glemp 12 maja 1984 roku. Biskup polowy Wojska Polskiego Sławoj Leszek Głódź ustanowił parafię wojskową 21 stycznia 1993 roku. Kościół wybudowano w 1945 roku jako wotum dziękczynne za zakończenie wojny. Do listopada 1947 roku, gdy przeznaczono go na cele duszpasterstwa wojskowego, pozostawał nieczynny (przez krótki czas korzystała z niego wspólnota starokatolików).

W 1948 roku pokryto dach blachą cynkową, ułożono podłogę i ufundowano ołtarz św. Józefa (obraz namalował Edward Zygarlicki, jako podziękowanie za ocalenie w bitwie pod Monte Cassino. Od początku duszpasterzował tu ks. płk Jan Mrugacz, kapelan wojskowy z okresu drugiej wojny światowej, on był także pierwszym rektorem. Władza metropolitalna z dniem 15 marca 1975 roku zezwoliła wiernym cywilnym na korzystanie z posług w kościele garnizonowym i zobowiązała do prowadzenia ksiąg metrykalnych. Samodzielny ośrodek duszpasterski powstał tu 9 kwietnia 1983 roku. W następnym roku rozpoczęły się przygotowania i budowa nowej świątyni; kamień węgielny, pochodzący z fundamentów Jasnej Góry, poświęcił kard. Józef Glemp w październiku 1984 roku. Budowa kościoła trwała do 1987 roku.

Parafia obejmuje opieką duszpasterską 9. Brygadę Wsparcia Dowodzenia Dowództwa Generalnego Rodzajów Sił Zbrojnych w Białobrzegach oraz 2. i 9. batalion 32. Dywizjonu Rakietowego Obrony Powietrznej w Olszewnicy, Narodowe Centrum Kryptologii w Legionowie, garnizon Kazuń z Mazowieckim Pułkiem Saperów, 2. Ośrodek Radioelektroniczny w Przasnyszu, Centrum Szkolenia Policji w Legionowie. Tradycją stały się już procesje fatimskie ulicami parafii, które odbywają się 13 maja i 13 października. W dniach 3 maja, 1 i 15 sierpnia oraz 11 listopada odbywają się uroczystości patriotyczno-religijne.