Parafię erygował kard. Aleksander Kakowski 1 listopada 1919 roku z części parafii Wniebowzięcia NMP w Warszawie-Zerzniu. Pierwszym proboszczem został ks. Mieczysław Królak.

Początki osadnictwa na tych terenach związane są z budową kolei nadwiślańskiej w 1877 roku. Przez długi czas był to teren letniskowo-wypoczynkowy; przed wojną na 1500 mieszkańców przypadało 3000 kuracjuszy i letników. W roku 1901 powstał komitet budowy kościoła, a 12 listopada 1902 roku nastąpiło poświęcenie kamienia węgielnego i natychmiast rozpoczęło się wznoszenie świątyni według planów arch. Jana Białego. Biskup Kazimierz Ruszkiewicz poświęcił kościół i oddał go do użytku wiernych 27 sierpnia 1905 roku. Na konsekrację trzeba było czekać wiele lat; dokonał jej kard. Stefan Wyszyński 31 lipca 1966 roku.

Z czasem kościół okazał się za mały i 13 października 1984 roku rozpoczęły się prace ziemne przy rozbudowie. Biskup Jerzy Modzelewski 17 listopada 1985 roku poświęcił i wmurował kamień węgielny, a już od grudnia 1985 Msze święte odprawiane były w dolnym kościele. Połączenie części starego i nowego kościoła nastąpiło w październiku 1987 roku. W roku 1988 wstawiono główny ołtarz, ambonę, ołtarz Najświętszego Sakramentu. 20 października 1996 roku bp Kazimierz Romaniuk poświęcił trzy dzwony i stacje Drogi Krzyżowej. W roku 2000 zbudowano na terenie przykościelnym kaplicę przedpogrzebową i dzwonnicę.

4 września 2005 roku abp Sławoj Leszek Głódź konsekrował nowy ołtarz i nową część kościoła. W roku 2012 wykończono dolny kościół (poświęcił go 3 marca abp Henryk Hoser SAC). W latach 2014-2016 wybudowano Dom św. Józefa z salami spotkań dla wspólnot i ruchów.